Pradžia Lietuvos
Agrarinių ir miškų
Mokslų centras
En

Renginiai

2019, birželio
P A T K P Š S
27 28 29 30 31 1 2
3 4 5 6 7 8 9
10 11 12 13 14 15 16
17 18 19 20 21 22 23
24 25 26 27 28 29 30

Po stažuotės Italijoje atsiveria naujos mikroorganizmų tyrimų perspektyvos

Po stažuotės Italijoje atsiveria naujos mikroorganizmų tyrimų perspektyvos

Šių metų sausio 7 – balandžio 6 dienomis Lietuvos agrarinių ir miškų mokslų centro (LAMMC) Žemdirbystės instituto Mikrobiologijos laboratorijos vedėja, vyriausioji mokslo darbuotoja dr. Skaidrė Supronienė stažavosi Florencijos universitete (Italija).

Stažuotės tikslas – užmegzti glaudesnius ryšius su Florencijos universiteto mokslininkais, dirbančiais žemės ūkio mikroorganizmų srityje, perimti jų patirtį vykdant mokslo produkcijos ir paslaugų komercinimą bei įgyti žinių apie mikroorganizmų fenotipavimo mikrolopštelėse (PM – angl. Phenotype MicroArray) metodą.

Florencijos universiteto Mikrobiologijos skyriui priklausantys profesoriai ir mokslininkai vykdo studijų ir mokymo veiklą žemės ūkio ir aplinkos mikrobiologijos srityje. Šio skyriaus mokslininkai vieni pirmųjų (nuo 2005 m.) pradėjo taikyti PM technologijas mikroorganizmų tyrimams, naudojant Biolog sistemą. Per PM taikymo laikotarpį jie patobulino keletą PM technologijų, paskelbė daug aukšto lygio publikacijų ir surengė tris PM taikymo konferencijas (Florencijos konferencija „Phenotype MicroArray, 2008, 2010 ir 2015 m.). 

PM tyrimuose skirtingus mikroorganizmų fenotipus nulemia skirtumai tarp jų gebėjimo įsisavinti įvairius anglies, azoto, fosforo ir sieros šaltinius jautrumo terpės rūgštingumui ir skirtingų klasių cheminėms medžiagoms (sunkiesiems metalams, dezinfekantams, antibiotikams ir t. t., iš viso vertinama apie 2000 skirtingų šaltinių). Mikroorganizmais inokuliuotų mikropokštelių inkubavimą ir duomenų nuskaitymą bei kaupimą automatiškai atlieka OmniLog prietaisas. Šis prietaisas yra tiek kontroliuojamos temperatūros inkubatorius, tiek automatizuotas mikroplokštelių skaitytuvas, kuriame yra talpinama iki penkiasdešimties 96 šulinėlių mikroplokštelių, talpinamų 25 dėkluose. Plokštelių skaitymą atlieka prietaiso galinėje dalyje esanti CCD kamera, kuri kas penkiolika minučių užfiksuoja plokštelės vaizdą vartotojo nustatytu inkubacijos laikotarpiu.

OmniLog PM programinę įrangą sudaro: 1) duomenų rinkimo programa; 2) duomenų tvarkymo kinetinis modulis; 3) duomenų analizei skirtas parametrinis modulis, įskaitant lyginimo funkcijas, specifinių kinetinių kreivių parametrų skaičiavimą (aukštis, plotas, nuolydis, vėlavimo laikas ir kt.) bei duomenų eksportavimo funkcijas.

PM tyrimų technologiniai principai yra detaliai aprašyti standartizuotose Biolog metodikose, tačiau jos apima tik nedaugelį konkrečių mikroorganizmų, todėl dažnu atveju tyrimo sėkmė priklauso nuo operatoriaus patirties ir gebėjimo patobulinti bazinę technologiją.

LAMMC Žemdirbystės instituto Mikrobiologijos laboratorijoje turima atviros prieigos Biolog sistema iki šiol buvo naudojama tik dirvožemio mikroorganizmų bendrijų fiziologiniam profiliavimui. Stažuotės metu įgytos žinios ir patirtis PM technologijų taikyme prisidės prie laboratorijos darbuotojų mokslinės, praktinės ir komercinės kompetencijos didinimo. Įgyta patirtimi bus dalijamasi su laboratorijoje praktiką atliekančiais studentais ir disertacinius darbus rengiančiais doktorantais. 

Ši stažuotė padėjo identifikuoti abi institucijas, siejančias mokslinių tyrimų kryptis, numatyti galimas perspektyvas ateities bendradarbiavimui, doktorantūros studentų mainams kvalifikacijos kėlimo tiksliais. Praktinių užsiėmimų metu gauta vertingų PM tyrimų duomenų apie skirtingus Rhizobium leguminosarum kamienus, kuriuos planuojama panaudoti bendros mokslinės publikacijos rengimui. Gautus tyrimų duomenis taip pat ketinama pristatyti Florencijos universitete birželio 19–22 d. vyksiančiame kongrese „Mikrobiologija 2019“ (Microbiology 2019).

En