1950 m. Kaune įkurtas Miškų institutas Lietuvos miškų ūkiui ir tarptautiniam bendradarbiavimui, ilgalaikiams tarptautinio lygio moksliniams tyrimams vykdyti. Iki 1956 m. balandžio mėn. Institutas buvo Lietuvos mokslų akademijos padalinys, vėliau tapo žinybiniu ir buvo pavadintas Lietuvos miškų ūkio mokslinio tyrimo institutu.
1957 m. įkurta Dubravos miškų tyrimo stotis – eksperimentinė bazė, kuri priklausė Institutui iki 1991 metų. 1963 m. Institutas perkeltas į Girionis. Didėjant miškų tyrimų ir miškų ūkio problemų sprendimų poreikiui, kelis dešimtmečius mokslininkų skaičius didėjo – 1980 m. jų dirbo daugiau kaip 200.
Po Lietuvos nepriklausomybės atkūrimo 1991 m. Miškų institutas Lietuvos Respublikos Vyriausybės nutarimu įgavo valstybinio mokslo instituto statusą ir buvo pavadintas Lietuvos miškų institutu. Nuo 2010 m. Lietuvos miškų institutas tapo Lietuvos agrarinių ir miškų mokslų centro kamieniniu padaliniu.
Institute atliekami fundamentiniai ir taikomieji miškotyros bei aplinkotyros tyrimai, reikalingi šalies ekonominės, ekologinės ir socialinės plėtros tikslams pasiekti.
